Les cellules des champignons envoient dans leur environnement des enzymes qui découpent les matières organiques en molécules plus petites, qui peuvent pénétrer dans les cellules par osmose. La "digestion" est externe, contrairement aux animaux. Suivant la source de matière organique, la fonction écologique du champignon peut être très différente:
Les saprophytes consomment des matières organiques mortes, ce qui en fait les recycleurs principaux dans nos écosystèmes. Ils sont les seuls êtres vivants à pouvoir décomposer la lignine et la cellulose: sans eux, nous serions submergés de déchets végétaux.
Les parasites consomment des matières organiques vivantes. Leur rôle est semblable à celui des prédateurs animaux, puisqu'ils s'attaquent préférentiellement à des êtres vivants affaiblis.
Les symbiotes s'associent à une espèce végétale qui leur fournit les sucres moyennant un service rendu. Il s'agit des lichens (voir page spécifique) et des champignons mycorhiziens. Le mycelium de ces derniers constitue une extension des racines des arbres, dont il décuple la capacité de collecte d'eau et de nutriments.
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